祁連山是我國西部重要的生態(tài)屏障區(qū)、水源涵養(yǎng)戰(zhàn)略區(qū)，獨特的生態(tài)區(qū)位決定了祁連山生物多樣性的鮮明特征，且生物多樣性高原特征凸顯。祁連山生態(tài)系統(tǒng)完整而多樣，是我國32個陸域生物多樣性保護優(yōu)先區(qū)域之一，具有豐富的生物多樣性，尤其是分布著大面積連續(xù)的雪豹適宜棲息地5.11萬平方公里。高原珍稀瀕危物種豐富，分布有雪豹、荒漠貓、黑頸鶴、野牦牛、羽葉點地梅、唐古特紅景天等國家重點保護野生動植物物種77種。

近年來，祁連山國家公園青海片區(qū)從雪豹調(diào)查起步，不斷擴大合作，與中科院、北京大學等34家一流高校及研究機構(gòu)合作，全面啟動生物多樣性本底調(diào)查，調(diào)查范圍從陸生生態(tài)系統(tǒng)到水生生態(tài)系統(tǒng)，實現(xiàn)了物種類型全覆蓋，清晰掌握了祁連山國家公園(青海)物種多樣性“家底”，共分布野生脊椎動物280種，野生無脊椎動物522種；維管束植物543種，大型真菌203種，水生生物575種。尤其值得一提的是，還發(fā)現(xiàn)了昆蟲新種10種、中國新記錄2種、青海省新記錄139種；祁連山鳥類新記錄9種。

祁連山是青藏高原貓科動物的優(yōu)質(zhì)棲息地，中國特有物種荒漠貓，因其數(shù)量少而被稱為最難見到的貓科動物，但在祁連山國家公園，記錄到結(jié)構(gòu)穩(wěn)定、數(shù)量較大的荒漠貓種群，祁連山成為全世界最容易“邂逅”荒漠貓的地方；“五只雪豹”“五只荒漠貓”“六只兔猻”“五只猞猁”同框的世界罕見畫面先后亮相，使祁連山成為“四貓之最”最佳生存地。